loud様
ご質問ありがとうございます。
管理人@PC-KEIBAです。
お伝えいただいた状況から、おそらく指数1(apd_shisu_1)テーブルのレコードだけが完全に削除されている可能性が高いです。「A5:SQL Mk-2」などのSQLエディタを使用して、指数1テーブルの現在の状況をご確認いただければと思います。
もしレコードが存在しない場合は、以下のマニュアルを参考にして外部指数設定の登録を再度行ってください。
■外部指数設定の登録方法
https://pc-keiba.com/wp/shisu-toroku/
なお、アップデートによってテーブルのレコードが削除される可能性は、あり得ないという認識です。